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Atlus Co. Ltd. est une société japonaise de jeux vidéo fondée en 1986 à Tokyo. En 2003, le constructeur de jouets Takara a racheté Atlus, puis en 2006, c'est la compagnie de communication Index Holdings qui rachète le studio.

Index annonce en 2009 que le studio Atlus est séparé en deux, d'un côté le business, dans une nouvelle filiale nommée New Entertainment Waves ; et de l'autre les jeux vidéo directement liés à Index. La marque Atlus reste uniquement utilisée comme label par le groupe (qui devient Index Corporation) à partir de 2010.

Après 2010, la branche américaine Atlus USA, fondée en 1991, devient Index Digital Media Inc et continue quant à elle de fonctionner.

Index Corporation fait faillite en 2013 et le label Atlus (ainsi qu'Atlus USA) sont rachetés par Sega Sammy Holdings qui fusionne le tout dans sa filiale Sega Dream Corporation, qui est renommée quelques mois plus tard... Index Corporation.

En 2014, Sega conserve seulement la partie liée aux jeux vidéo et renomme Index Corporation en Atlus Co Ltd, et Index Digital Media en Atlus USA. C'est le sang frère.